上海市胸科醫院創建于1957年，為我國最早建立的集醫療、教學、科研為一體的，以診治心、肺、食管、氣管、縱隔疾病為主的三級甲等專科醫院。1957年起被衛生部指定為全國心胸外科進修基地，1988年起成為原上海第二醫科大學教學醫院，1994年被評為三級甲等醫院，2004年成為上海市紅十字胸科醫院，2005年成為上海交通大學附屬胸科醫院。醫院先后獲得“全國衛生系統先進集體”、“全國無煙單位”、“上海市職業道德建設十佳單位”、“市文明單位”七連冠等殊榮。
　　醫院位于上海市徐匯區淮海西路241號，占地面積2.6萬平方米。醫院設有12個臨床科室和10個醫技科室。核定床位580張，開放床位767張，有病區17個（包括1個干部病區和2個特需病區），另設ICU,CCU。附設上海市胸部腫瘤研究所、心血管研究室和國家藥物臨床試驗機構。現有職工1000余名，其中正副主任醫師100余名、博士生導師、碩士生導師30名、享受國務院特殊津貼30名。
　　醫院面向全國，每年收治的門急診和住院病人逾30萬人次，建院以來已施行各類胸部手術近10萬例，心臟介入逾2萬例，成功地醫治和搶救了數以萬計的疑難重危病人。目前醫院開展的單肺、雙肺、肺葉移植術，冠心搭橋術，心臟單、雙瓣膜置換術及瓣膜成形術，各種心臟復雜畸形的診治，各類肺、食管、氣管、縱隔手術，心胸外科微創手術、包括達芬奇機器人手術系統輔助下的心胸手術，各類心臟疾病的介入診治，惡性心律失常和急性心肌梗塞的救治，氣管鏡的診療技術以及病理細胞、組織學檢測等均居國內先進水平；射頻消融治療房顫的手術數量和質量為亞太地區之首；肺癌的早期診斷和多學科治療等居國際先進水平；還曾成功施行同種異體原位心臟移植術。
　　目前醫院正承擔著國家重點學科“心血管病學”、國家臨床重點專科“心血管內科”、“胸外科”和“心臟大血管外科”、國家中醫藥管理局“十二五”重點專科——中西醫結合腫瘤專業、上海市肺部腫瘤學臨床醫學中心及上海市醫學重點學科“胸外科”、上海交通大學重點學科“呼吸內科”以及上海交通大學房顫診治中心、上海交通大學食管疾病診治中心的建設；并承擔著國家“十一五”、“863”攻關課題、上海市“登山計劃”等多項國家、部、市、局級重大課題的研究。并承擔衛生部冠脈介入、心律失常、結構性心臟病介入診療培訓基地、衛生部呼吸內鏡培訓基地、衛生部專科醫生培訓基地（心內科、肺內科、心外科、胸外科）、交大醫學院臨床住院醫生規范化培訓基地以及預防心臟性猝死上海培訓基地、上海市重癥監護護士實訓基地、中華醫學會麻醉學分會靶控輸注技術培訓中心等工作。已舉辦全國心胸外科進修班40余期，還每年承擔“肺癌多學科診斷治療”、“胸心外科學進展”等多項國家級繼續教育項目的培訓任務以及各高等院校的教學任務，并設有博士后流動站招生點。