民航上海醫(yī)院是1972年11月根據(jù)國務(wù)院、中央軍委《關(guān)于批準民航組建四所各100張床位醫(yī)院批復(fù)》的精神，于1973年5月經(jīng)空軍司令部、后勤部同意后在上海西郊組建100張床位編制的醫(yī)院。1984年1月6日正式開院，隸屬民航總局，由民航華東地區(qū)管理局領(lǐng)導(dǎo)，醫(yī)院編制為210人，是華東地區(qū)唯一的航空醫(yī)療專業(yè)機構(gòu)。1994年2月18日經(jīng)上海市衛(wèi)生局批準為二級綜合性職工醫(yī)院。1995年9月13日經(jīng)上海市衛(wèi)生局醫(yī)院等級評申批準為二級乙等醫(yī)療機構(gòu)，核定床位120張。醫(yī)院占地面積11390平方米，建筑面積13674平方米。建院至今，醫(yī)院的功能定位已拓展為民航、社會提供全方位的醫(yī)療及健康體檢服務(wù)，主要承擔民航華東地區(qū)航空醫(yī)學臨床、康復(fù)療養(yǎng)、科研、航空醫(yī)學交流和航空人員的體檢鑒定等任務(wù)，擁有功能齊全、設(shè)備先進、技術(shù)一流、服務(wù)一流的航空人員體檢鑒定中心，民航華東管理局航空人員體檢鑒定中心前身為民航華東管理局航空體檢隊，成立于1995年。2007年，根據(jù)民航體制改革的總體部署和民航總局《關(guān)于公布民航西北航空醫(yī)學體檢中心等十三個航空人員體檢委任機構(gòu)名單及信息的通知》，經(jīng)民航總局和上海市衛(wèi)生局批準，民航華東管理局航空人員體檢鑒定中心（以下簡稱“體檢鑒定中心”）正式成立。至此，原由民航上海醫(yī)院承擔的各類航空醫(yī)學任務(wù)轉(zhuǎn)由體檢鑒定中心承擔，成為華東地區(qū)唯一一家公立非營利性航空醫(yī)學醫(yī)療機構(gòu)。
　　目前醫(yī)院已進入新建大樓施工，僅設(shè)有內(nèi)科門診、外科門診、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、婦科、中醫(yī)科、針灸推拿科、心電圖、B超、動態(tài)心電圖、藥劑科、檢驗科、放射科、腫瘤免疫以及由上海市知名中醫(yī)專家坐診的中醫(yī)特需門診。