地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統為主要研究對象的綜合研究機構。研究所的戰略定位是開展自然和人文要素驅動下湖泊－流域系統過程、格局及其相互作用與調控機理研究，為湖泊環境保護與資源合理利用、湖泊-流域系統演變與調控、區域可持續發展做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。研究所主要面向湖泊水環境治理與生態修復、區域可持續發展規劃與評估兩大應用研究領域，重點發展物理湖泊與水文、湖泊生物與生態、湖泊沉積與環境演化、湖泊環境與工程、湖泊-流域過程與調控、流域資源與生態環境、區域人文經濟地理和遙感與地理信息科學等八個學科方向。現設有湖泊與環境國家重點實驗室、中國科學院流域地理學重點實驗室、湖泊野外觀測站（含太湖湖泊生態系統研究站、鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態系統定位觀測研究站、天目湖流域觀測研究站和東非大湖與城市生態研究站）、湖泊-流域數據集成與模擬中心以及所級公共技術服務中心。