南京土壤研究所成立于1953年，其前身為1930年創立的中央地質調查所土壤研究室。南京土壤研究所現有土壤與農業可持續發展國家重點實驗室、土壤養分管理國家工程實驗室、農田土壤污染防控與修復技術國家工程實驗室、中科院土壤環境與污染修復重點實驗室、農業部耕地保育綜合性重點實驗室等重要研究平臺；設有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環境與修復、植物營養與肥料、土壤生物與生態等5個研究部以及土壤資源與遙感應用、土壤－植物營養與肥料、土壤化學與環境保護、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環境生物修復、土壤利用與環境變化等研究單元；還擁有土壤科學數據中心（中國生態系統研究網絡土壤分中心）、河南封丘農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江西鷹潭農田生態系統國家野外科學觀測研究站、江蘇常熟農田生態系統國家野外科學觀測研究站、中國科學院三峽工程生態環境湖北秭歸實驗站。