新疆生地所始建于1961年，是中科院部署在新疆的一支國家科技力量。研究所面向國際干旱區生態與環境領域科技前沿，面向國家絲綢之路經濟帶建設重大需求，面向新疆社會穩定與長治久安總目標，圍繞干旱區自然資源開發、生態修復、環境治理、生物多樣性保育和區域可持續發展等重大問題，重點開展絲綢之路經濟帶生態、環境監測和評估、區域水資源利用與生態安全、新疆及中亞礦產探測與環境治理、干旱區戰略生物資源可持續利用、新疆農牧民增收和區域發展等研究，創新干旱區自然地理學、荒漠恢復生態學、綠洲農業生態學的理論和方法體系，在亞洲中部干旱區生態與環境領域發揮不可替代的骨干和引領作用。在科研機構設置方面，建有荒漠與綠洲生態國家重點實驗室、中科院干旱區生物地理與生物資源重點實驗室、國家荒漠-綠洲生態建設工程技術研究中心；中科院-新疆維吾爾自治區政府共建中科院新疆礦產資源研究中心。在國內建有12個野外臺站（其中3個為國家級野外站），另有分析測試中心、文獻信息中心、標本館等科研支撐平臺。國際科研平臺建設方面，建有中國科學院中亞生態與環境研究中心、中美國際干旱區生態研究中心、中日干旱區生態研究中心等。