中國科學(xué)院昆明植物研究所前身是靜生生物調(diào)查所和云南省教育廳于1938年7月合作成立的云南農(nóng)林植物研究所。1950年4月轉(zhuǎn)屬中國科學(xué)院，更名為中國科學(xué)院植物分類研究所昆明工作站。1953年3月更名為中國科學(xué)院植物研究所昆明工作站。1959年4月，經(jīng)國家科委批準(zhǔn)，正式成立中國科學(xué)院昆明植物研究所。研究所將植物分類與生物地理、植物化學(xué)與天然產(chǎn)物研發(fā)、野生種質(zhì)資源保藏與利用、民族植物學(xué)與區(qū)域發(fā)展、資源植物研發(fā)與產(chǎn)業(yè)化這五個方面為重點研究領(lǐng)域。研究所建有昆明和麗江兩個園區(qū)，其中昆明占地面積1018畝。研究系統(tǒng)設(shè)置“三室一庫”，即植物化學(xué)與西部植物資源持續(xù)利用國家重點實驗室、中國科學(xué)院東亞植物多樣性與生物地理學(xué)重點實驗室、資源植物與生物技術(shù)重點實驗室、中國西南野生生物種質(zhì)資源庫。植物標(biāo)本館（KUN）館藏標(biāo)本150余萬份，是全國第二大植物標(biāo)本館。種質(zhì)資源庫已累計采集保存種子總量達(dá)10,285種，82,746份，種數(shù)超過中國種子植物總數(shù)的1/3。現(xiàn)有控股企業(yè)1家，參股企業(yè)4家：其中云南云投生態(tài)環(huán)境科技股份有限公司為深圳證券交易所上市企業(yè)，云南西力生物技術(shù)股份有限公司為新三板掛牌企業(yè)。