遺傳發(fā)育所最早成立于1959年。2001-2003年，由原中國科學(xué)院遺傳研究所、發(fā)育生物學(xué)研究所及石家莊農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所整合而成。遺傳發(fā)育所面向我國農(nóng)業(yè)和人口健康的重大戰(zhàn)略需求和生命科學(xué)前沿，重點開展基因組結(jié)構(gòu)與調(diào)控規(guī)律、細胞發(fā)育分化分子機理、重要農(nóng)藝性狀分子解析、農(nóng)業(yè)生態(tài)可持續(xù)發(fā)展、前沿學(xué)科交叉領(lǐng)域的研究，揭示水稻、小麥等基因組表達調(diào)控規(guī)律、闡明細胞分化的分子機制和建立新的品種設(shè)計理論與技術(shù)體系，為解決遺傳與發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域重大科學(xué)和技術(shù)問題做貢獻。研究所下設(shè)基因組生物學(xué)、分子農(nóng)業(yè)生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、分子系統(tǒng)生物學(xué)和農(nóng)業(yè)資源5個研究中心。擁有植物基因組學(xué)、植物細胞與染色體工程、分子發(fā)育生物學(xué)3個國家重點實驗室、中國科學(xué)院農(nóng)業(yè)水資源和河北省節(jié)水農(nóng)業(yè)2個院省級重點實驗室、河北欒城農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國家野外觀測試驗站，是國家植物基因研究中心（北京）的依托單位，設(shè)有欒城農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)試驗站、南皮生態(tài)農(nóng)業(yè)試驗站、太行山山地生態(tài)試驗站、海南陵水南繁育種基地。