中心（加掛南寧市食品安全風險監(jiān)測與檢驗檢測中心、南寧市健康教育所、南寧市結(jié)核病防治所、南寧市預(yù)防醫(yī)學研究所、南寧市衛(wèi)生檢測檢驗中心5塊牌子）是在原南寧市衛(wèi)生防疫站、南寧市結(jié)核病防治所、南寧市醫(yī)學情報所、南寧市健康教育所的基礎(chǔ)上，于2002年7月組建的副處級全額撥款事業(yè)單位。負責轄區(qū)疾病預(yù)防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置、疫情報告及健康相關(guān)因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與干預(yù)、實驗室檢測分析與評價、健康教育與促進、技術(shù)管理與應(yīng)用研究指導(dǎo)等工作。截至2023年底，中心占地面積35畝，有綜合辦公樓、門診培訓樓、理化檢驗樓、微生物檢驗樓、綜合保障大樓等5棟業(yè)務(wù)用房，建筑面積21099.72平方米，其中實驗室用房約8673.14平方米。此外，占地20畝的南寧市公共衛(wèi)生應(yīng)急處置中心已于2021年獲得立項批復(fù)，目前正在建設(shè)中。核定事業(yè)編制333名，后勤服務(wù)人員控制數(shù)8名，內(nèi)設(shè)機構(gòu)23個。擁有三重四級桿氣（液）相質(zhì)譜儀、電感耦合等離子質(zhì)譜儀、流動注射儀、高通量基因測序分析系統(tǒng)、多重病原核酸檢測系統(tǒng)，總價值近億元。具有CNAS認可、CMA資質(zhì)認定等多項資質(zhì)，是新冠病毒監(jiān)測、流感、致病菌識別網(wǎng)等三個國家級網(wǎng)絡(luò)實驗室。檢測結(jié)果國際互認，具備服務(wù)“一帶一路”的檢測能力。是廣西首家能夠開展飲用水全分析（106項）的地市級疾控中心，同時是廣西首家開展基因測序并精準復(fù)核新冠病毒樣品的地級市疾控機構(gòu)。中心是南寧市人才小高地，擁有市級醫(yī)學重點學科2個，自治區(qū)重點培育實驗室1個，自治區(qū)醫(yī)療衛(wèi)生重點學科2個，是華中科技大學同濟醫(yī)學院、廣西醫(yī)科大學公衛(wèi)學院等多家醫(yī)學院校的教學基地。